En su quinta temporada, Junior Express continúa trayendo episodios llenos de aventura, música y diversión. El Capitán Topa junto a su tripulación estarán preparados para las situaciones más disparatadas que puedan acontecer.

A su vez, Lila recibirá un novedoso regalo: un piloto automático llamado EMA (Especialista en Manejo Automático). EMA le permitirá a Lila dejar por momentos la silla de conductor, aunque a veces con cierta desconfianza.  

La nueva temporada está compuesta por 23 episodios, 15 de 22 min. y 8 de 11 min. En estos últimos, que transcurren de noche, el Capitán Topa dará el anuncio para ir a dormir y deseará dulces sueños a toda la tripulación. Todos cantarán una canción mientras se preparan para ir a sus camas. Pero cuando se apaga la última luz, otra se enciende en alguno de los vagones: alguien se despertó. ¿Qué pasó? Cada viaje nocturno nos sorprenderá.